Налоговая переквалификация НИОКР в фармацевтической отрасли: как сохранить льготы при ставке НДС 22%

Для российской фармацевтики наступила эпоха глубокого налогового контроля. Стимулируя импортозамещение, государство предлагает бизнесу серьезные преференции, но одновременно усиливает надзор. Инспекторы ФНС теперь анализируют не названия контрактов, а фактическое содержание технологических процессов.

С 1 января 2026 года базовая ставка НДС выросла до 22%. В этих условиях методологическая ошибка в квалификации R&D-проекта может привести к доначислениям, способным лишить компанию оборотного капитала. Эксперты консалтинговой компании «ИнФинанс» подготовили рекомендации по защите налоговых льгот.

Для фармбизнеса предусмотрены две ключевые льготы:
Налог на прибыль. С 2025 года (согласно ФЗ № 176-ФЗ) расходы на НИОКР из перечня Правительства РФ (Постановление № 988) можно учитывать с повышающим коэффициентом 2.0.
НДС. Освобождение от налога регулируется ст. 149 НК РФ:

• ПП. 16: НИОКР за счет бюджета (госконтракты).
• ПП. 16.1: Льгота только для образовательных и научных организаций.
• ПП. 16.2: Основной инструмент для коммерческого сектора. Освобождает по созданию или усовершенствованию продукции и технологий.

Согласно ст. 769 ГК РФ, НИОКР должны содержать элемент новизны, научного поиска и риск недостижения результата. Обычный подряд или тестирование под эту категорию не подпадают.

Налоговые органы используют концепцию «существа над формой» (ст. 54.1 НК РФ), выделяя следующие зоны риска:

Клинические исследования (КИ). ФНС часто классифицирует КИ (особенно дженериков) как стандартные услуги по тестированию. Однако КИ являются разновидностью НИОКР и освобождаются от НДС.

IV фаза КИ. Исследования после вывода препарата на рынок налоговики склонны считать маркетингом. Для защиты льготы нужно доказать, что в ходе работ выявляются новые свойства или оптимизируются схемы лечения.

Смешанные договоры. В одном контракте могут быть объединены НИОКР и сопутствующие услуги (логистика, перевод, подбор баз) без разделения стоимости. В этом случае ФНС может аннулировать льготу по всему объему сделки.

Современные суды требуют от бизнеса весомых доказательств научной деятельности, но ограничивают фискальный произвол:

Принцип налоговой реконструкции. Если ФНС переквалифицирует исследовательские и конструкторские работы в услуги, она обязана не просто начислить налог на всю выручку, но и учесть право налогоплательщика на вычеты по «входящему» НДС.

Экономический смысл. Инспекция обязана моделировать последствия «правильного» договора, учитывая реальные расходы компании, а не ограничиваться механическим доначислением.

С 2026 года (ФЗ № 425-ФЗ) риски растут пропорционально ставке.

Ловушка даты. Если договор заключен в 2025 году (НДС 20%), а акт подписан в 2026-м, при переквалификации ФНС применит ставку 22%.

Кумулятивный эффект. При потере статуса научно-исследовательской и конструкторской деятельности компания лишается и коэффициента 2.0 по налогу на прибыль. Это ведет к доначислению по новой ставке 25%. Итоговые потери бизнеса при переквалификации контракта на 50 млн руб. в 2026 году составят около 15-17 млн руб. (с учетом штрафов и пеней).

Разделяйте потоки. Четко отделяйте в контрактах научную часть от сервисных услуг. В госконтрактах обязательно указывайте источник финансирования.

Корректируйте терминологию. Избегайте слов «оказание услуг», «тестирование», «испытания». Используйте: «проведение экспериментальных научных исследований», «разработка технологии». В ТЗ фиксируйте возможность отрицательного результата.

Обеспечьте раздельный учет. Входящий НДС по затратам на льготный НИОКР должен включаться в стоимость, а не заявляться к вычету (п. 4 ст. 149 НК РФ).

Формируйте «досье новизны». Каждый этап должен закрываться отчетом по ГОСТ 7.32-2017. Храните лабораторные журналы и приказы о создании рабочих групп – это ваши главные доказательства в суде.